您的位置: 首页 > 服务 >

10x Genomics 单细胞转录组测序

产品简介

单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)是在单个细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术,其原理是将多细胞生物分离的单个细胞中微量的转录组mRNA通过高效扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本无法破解的细胞异质性难题以及常规RNA-seq被掩盖的细胞群内的转录组异质性难题,有助于发现新的稀有细胞类型,并深入了解发育过程中的表达调控机制。

产品优势

  • 高标准:掺入细胞标准品,实时监测仪器及实验效率。
  • 高效率:9分钟之内即可完成单细胞体系制备,细胞捕获效率高达65%,可准确鉴别稀有细胞类型。
  • 高通量:可同时上8个样本,每个样本可获得500~10000个细胞的转录组数据。
  • 多态率(Multiplet Rate):同个GEM包含2或2个以上的细胞的概率低,1000个细胞低于0.9%。
  • 性价比高:相较于其他单细胞平台,操作简单,价格优惠。
  • 测序平台兼容度广:与Illumina各种型号的平台高度兼容。
  • 应用范围广:细胞大小及类型无限制,动物细胞、植物细胞均可以进行单细胞测序;广泛应用于肿瘤细胞异质性、鉴定罕见细胞类型、免疫细胞分型、疾病分型以及胚胎发育等研究领域。

 

应用

1. 人类细胞图谱构建         2. 肿瘤异质性研究         3. 干细胞发育及分化       4. 免疫方向研究

5. 神经系统发育研究         6. 脑发育研究                7. 胚胎细胞发育研究       8. 疾病分型

服务流程

GeneCopoeia 10x Genomics平台单细胞转录组测序服务的流程如下图:

GeneCopoeia 10x Genomics单细胞转录组测序服务提供完整的的分析报告,按照不同的需求主要提供以下内容,包括基本信息分析、高级分析及个性化分析结果数据。

样本要求

针对细胞样本,广东省范围内的客户可选择预约上门取样,或直接寄送样本。其他地区客户暂时只支持样本寄送。

  预约上门取样 样本寄送
样品类型 新鲜单细胞悬浮液 细胞冻存液
细胞数量 单个细胞起始量>1×105个/样品 单个细胞起始量>2×105个/样品
细胞浓度

7×105—1.2×106 /mL

细胞活性

活细胞数量在90%以上(台盼蓝染色检测,血细胞计数板计数)

细胞大小

直径小于40 μm(使用40 μM细胞滤网)

细胞间无粘连(成团率<5%)

组织需解离成单细胞悬液,植物细胞需制成原生质体

其他

细胞培养基及缓冲液不能含有Ca2+和Mg2+等影响酶活性的物质

注意:

a. 样品运输:请务必使用干冰运输,在样品到达目的地时仍有干冰存留以确保细胞冻存完好;

b. 提前先进行复苏实验:检测细胞复活后存活率是否>90%;

c. 周期会增加2-3个工作日以进行细胞质检。

FAQs

1.为什么每个样品需要那么多的细胞量?
答:细胞在上机之前,需要对进行一系列的质检,质检过程需要用掉部分细胞。
 

2.如何检测细胞活性?
答:可以使用台盼蓝染色,用显微镜观察细胞活性。
 

3.植物细胞能做单细胞测序吗?
答:植物细胞可以做单细胞测序,但需要注意两点:

a. 需要注意细胞大小,10× genomics的适用对象是直径小于40 nm的细胞。

b. 植物细胞含有细胞壁,细胞壁对后续裂解有影响,所以需要用纤维素酶等消化细胞壁,制成原生质体。
 

4.单细胞测序需要和常规转录组一样设置重复吗?
答:单细胞测序的目的是分离群体细胞中的不同亚群,表征这些亚群的特征,我们建议老师最好有实验组和对照组,但一般对生物学重复没有要求。

 

5.细胞数达不到10⁶是否可以做10x Genomics单细胞转录组?

答:可以做,但是有风险。cell counter计数最佳细胞浓度在5×105~1×106细胞左右,如果细胞数过低,很有可能会存在计数不准确的情况,从而就无法较准确得到细胞浓度从而进行上样,这会影响后续实际细胞检出数目;另外,实验前需要洗涤细胞2次,每次损失25%,而且细胞计数2次也会损失一定细胞,太少量无法进行操作。

 

6.细胞活性达不到80%是否可以做10x Genomics单细胞转录组?

答:细胞活性过低时,细胞内的RNA可能会发生降解,从而得到的数据无法准确反映每个细胞样品内转录本的表达情况,影响基因检出;由于10x Genomics单细胞转录组数据是以细胞检出数目及基因检出数目为主要指标,因此如果老师细胞数目及细胞情况实在无法满足要求,需要事先了解风险。