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EGFR G719S标准品(FFPE)

EGFR G719S标准品是来源于高度特性纯合二倍体HCT116细胞株的基因组DNA,通过基因组编辑的方式使该细胞获得了染色体上EGFR基因的G719S突变。该标准品的变异等位基因频率(VAF)为100%,可作为FFPE DNA提取步骤的质控参照。

该标准品可用于评估NGS、Sanger测序和qPCR检测的性能,包括检测限、准确度和精密度。

 

 
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RM212 EGFR G719S标准品 1 片 FFPE 1800

 

 

Catalog number  RM212
Format FFPE
Fixation 10% neutral buffered formalin solution
Quantity 1 片
Cell density > 500,000 cells/片
Volume 20 µm section
DNA Yield > 400 ng/片
Cell line HCT116
Storage 4 ºC
Shelf life 3 years from the date of manufacture
Quality Control H&E staining
Agarose gel electrophoresis
Qubit 4.0 fluorometer
Sanger sequencing
ISO 9001:2015 certified

 

单基因标准品用于Sanger测序和PCR检测体细胞突变。这些标准品突变以肿瘤学为基础,主要用于基因检测,包括gDNA、RNA和非FFPE等产品形式。

Genecopoeia提供高特征、生物学相关的纯合子OncoSpot™标准品,具有一致性和可靠性。在您的工作流程中使用这些标准品,通过对分析的灵敏度、特异性和准确性的评估来优化实验流程。

标准品优势:

  • 在检测病人样本前优化DNA提取方案
  • 减少操作流程变化产生的对下游结果的影响
  • 建立检测限
  • 在质量控制过程中准确地评估批间可变性
  • 建立诊断试验的工具

Genecopoeia使用基因组编辑技术对细胞进行精准的基因编辑后获得。这些细胞系在ISO9001认证的条件下建立,确保了批间的稳定性和重复性。 另外,这些用于标准品制作的细胞系本身也会存在内源性的突变,这种类型的突变在我们分析的过程中也被称为突变。

我们使用琼脂糖凝胶电泳和分光光度计(A260/A280)测定每一个批次的质量。

我们使用Qubit仪器进行定量。

我们通过提取人单克隆细胞系基因组DNA获得gDNA标准品。不管是突变型还是野生型的gDNA标准品都经过Sanger测序。我们提供50ng/ul的gDNA标准品。

标准品细胞株福尔马林处理后用石蜡包埋得到FFPE标准品。我们提供20um厚直径为5mm的FFPE标准品。

回收率在很大程度上取决于FFPE的提取方法。我们使用QIAamp DNA FFPE组织提取试剂盒,每片FFPE可得到≥400ng DNA。该试剂盒说明可得到的范围是200ng-500ng。注意关键的一点是,请按照gDNA的提取步骤,而不是总核酸的提取步骤进行。

    如果按照正确的提取步骤进行提取得到低于50ng,有可能是细胞在去石蜡过程中丢失了。因此,用二甲苯处理FFPE的时候要在原管中进行。如果按照正常的提取步骤进行提取得到50-200ng,有可能是洗脱的过程中DNA没有完全通过柱子。这种情况下,通过两次50ul的洗脱比一次100ul的洗脱能得到更多的DNA。

    制作检测限曲线,需要1个突变型DNA标准品和1个野生型DNA标准品。根据DNA标准品的应用,检测限稀释曲线的等位基因的频率可能会不一样。如:

    • Sanger测序 15-25%
    • qPCR 1%
    • NGS <1%