介绍
GeneCopoeia的OncoSpot™ NGS标准品来源于经基因组编辑技术改造的HCT116细胞株，包含与肿瘤患者相关的临床相关的癌症基因突变位点。基因编辑突变包括单核苷酸突变和缺失。这些细胞系在ISO9001认证的条件下建立，确保了批间的稳定性和重复性。
OncoSpot™ NGS标准品含有基因组DNA和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的两种产品形式。它们与多种基因组平台兼容，例如NGS、Sanger测序和qPCR，可作为确定工作流程性能标准的理想方法，包括：
参考标准品有助于NGS分析开发、质量控制以及检测限、精密度和准确度的验证。
FAQs
1. 标准品有什么用？
单基因标准品用于Sanger测序和PCR检测体细胞突变。这些标准品突变以肿瘤学为基础，主要用于基因检测，包括gDNA、RNA和FFPE等产品形式。
Genecopoeia提供高特征、生物学相关的纯合子OncoSpot™标准品，具有一致性和可靠性。在您的工作流程中使用这些标准品，通过对分析的灵敏度、特异性和准确性的评估来优化实验流程。
标准品优势：
- 在检测病人样本前优化DNA提取方案
- 减少操作流程变化产生的对下游结果的影响
- 建立检测限
- 在质量控制过程中准确地评估批间可变性
- 建立诊断试验的工具
2. 标准品是如何获得的？
Genecopoeia使用基因组编辑技术对细胞进行精准的基因编辑后获得。这些细胞系在ISO9001认证的条件下建立，确保了批间的稳定性和重复性。 另外，这些用于标准品制作的细胞系本身也会存在内源性的突变，这种类型的突变在我们分析的过程中也被称为突变。
3. 如何评估gDNA的质量？
我们使用琼脂糖凝胶电泳和分光光度计（A260/A280）测定每一个批次的质量。
4. 如何评估单点突变gDNA标准品的浓度？
我们使用Qubit仪器进行定量。
5. gDNA标准品如何生产的？
我们通过提取人单克隆细胞系基因组DNA获得gDNA标准品。不管是突变型还是野生型的gDNA标准品都经过Sanger测序。我们提供50ng/ul的gDNA标准品。
6. FFPE标准品是如何生产的？
标准品细胞株福尔马林处理后用石蜡包埋得到FFPE标准品。我们提供20um厚直径为5mm的FFPE标准品。
7. 如何提取FFPE标准品中的DNA？
回收率在很大程度上取决于FFPE的提取方法。我们使用QIAamp DNA FFPE组织提取试剂盒，每片FFPE可得到≥400ng DNA。该试剂盒说明可得到的范围是200ng-500ng。注意关键的一点是，请按照gDNA的提取步骤，而不是总核酸的提取步骤进行。
8. FFPE DNA提取得率低于预期，如何提高？
如果按照正确的提取步骤进行提取得到低于50ng，有可能是细胞在去石蜡过程中丢失了。因此，用二甲苯处理FFPE的时候要在原管中进行。如果按照正常的提取步骤进行提取得到50-200ng，有可能是洗脱的过程中DNA没有完全通过柱子。这种情况下，通过两次50ul的洗脱比一次100ul的洗脱能得到更多的DNA。
9. 如何用DNA标准品制作稀释曲线去测定我的检测限（LOD）？
制作检测限曲线，需要1个突变型DNA标准品和1个野生型DNA标准品。根据DNA标准品的应用，检测限稀释曲线的等位基因的频率可能会不一样。如：
- Sanger测序 15-25%
- qPCR 1%
- NGS ＜1%
