介绍
产品介绍
NGS技术广泛应用于药物发现和转化医学领域,如测定个体基因组序列,确认遗传疾病相关的突变和肿瘤细胞体细胞突变等。平行实验参照(标准)品常用于评估每种仪器和试剂盒对每个特定位点突变检测的灵敏度和重复性。但平行实验参考品不能用于评估和校正待检样本中含有的包括置换、缺失和插入等突变的分子数,更不能排除大批待检样本中由于某一实验步骤(如文库构建、Barcode的连接效率,或某一样本反应体系的部分样本因操作错误而丢失)或仪器不均一性(如96孔PCR仪器中某一孔出现异常)导致的误差。
Genecopoeia提供OncoSpot™ NGS可掺入标准品,通过CRISPR方法在肿瘤细胞基因组进行改造,或以PCR扩增方式,引入单核苷酸突变或框内indel突变,同时以自有专利技术《DNA参考标准及其应用》设置指纹掺入(spike-in)标记,实现对待测样本的全流程监控。
图1. 用于基因突变检测的可掺入待检样本的细胞 / gDNA / cfDNA标准品
产品优势
作为内参加入实际样品,能够全程参与DNA建库测序的所有流程,对过程的每一步进行质量控制;
可以对不同样品的测序结果根据掺入标准品的结果进行归一化处理,从而进行样品间的比较;
与真实样品的形式高度相似,但可以很容易地进行区分;
灵活订制,可满足多种质控指标的设计需求。
应用
产品应用
评估样本的采集、保存、核酸提取方法等各个步骤的效率分析,以及评估质控品和参考品的联用效果;
评估样本采集质量;
评估反应体系中酶和缓冲液的灵敏度和特异性;
评估检测所用仪器样本(阴性管)所置孔是否存在温控失调,可给仪器维修工程师参考;
作为计算样本中DNA或RNA拷贝数(copies/ml)的校正系数的依据。
产品案例
可掺入的cfDNA标准品(肺癌突变位点)
图2 A. 癌症病人与正常人cfDNA的长度区别。
图2 B. 肺癌突变cfDNA的可掺入标准品制备流程。
图2 C. cfDNA单一片段的扩增效率对比(突变型 vs 野生型)
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产品名称
基因
突变位点
价格
KRAS G13C 可掺入标准品
KRAS
G13C
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BRAF V600E 可掺入标准品
BRAF
V600E
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EGFR Δ746-750 可掺入标准品
EGFR
Δ746-750
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CKIT D816V 可掺入标准品
CKIT
D816V
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PIK3CA E545K 可掺入标准品
PIK3CA
E545K
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EGFR G719S 可掺入标准品
EGFR
G719S
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NRAS Q61K 可掺入标准品
NRAS
Q61K
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EGFR L858R 可掺入标准品
EGFR
L858R
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PIK3CA H1047R 可掺入标准品
PIK3CA
H1047R
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EGFR T790M 可掺入标准品
EGFR
T790M
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我们可以为您提供定制化可掺入标准品(如,模拟病毒、细胞和 cfDNA 等形式的标准品),也可以为您提供技术与您一起合作开发可掺入标准品相关的项目,如果您感兴趣,请与我们联系 !
FAQ
1.什么是可掺入标准品?
A: 可掺入标准品是指可掺入待测样本或样本采集装置(管)的阳性标准品。在样本处理时,标准品需要加入待测样本采集装置(管)中,与待测样本一同进行样本处理,从而根据标准品的分析结果来评估检测流程稳定性以及其他待测样本检测结果的准确性。
2. 可掺入标准品与平行实验参照标准品有什么区别?
A: 目前作为NGS使用的平行实验参照标准品只可作为分析和矫正实验(检测)的系统误差,1)比较和评估某种检测项目相关仪器设备、试剂盒、操作人员及检测环境(实验室条件)和质量;2)用于某种检测项目的各个实验(检测)步骤的质量分析和优化。
可掺入待测样本的参考标准品不仅具有平行实验参照标准品的作用,1)它能够全程参与DNA建库测序的所有流程,对过程的每一步进行质量控制;2)可以对不同样品的测序结果根据掺入标准品的结果进行归一化处理,从而进行样品间的比较;
3. 标准品是如何获得的?
A: Genecopoeia通过CRISPR方法在肿瘤细胞基因组进行改造,或以PCR扩增方式,引入单核苷酸突变或框内indel突变,同时以自有专利技术《DNA参考标准及其应用》设置指纹掺入(spike-in)标记,实现对待测样本的全流程监控。